Εντός της καστροπολιτείας έχουν επισημανθεί τουλάχιστον 17 παρεκκλήσια, που αποτελούσαν, κατά το πλείστον, ιδιωτικούς χώρους λατρείας, με ταφικό κυρίως χαρακτήρα. Για ορισμένα από αυτά, η τοπική παράδοση στις αρχές του 20ού αιώνα διέσωσε τις αφιερώσεις τους (Αγία Κυριακή, Αγία Άννα κ.λ.π.).

Κατά κανόνα, πρόκειται για μικρών διαστάσεων, μονόχωρα καμαροσκέπαστα ή ξυλόστεγα κτίσματα. Εξαίρεση συνιστά ο σταυρεπίστεγος ναΐσκος της Αγίας Παρασκευής. Γύρω τους αναπτύσσονται προσκτίσματα, δεξαμενές και κυρίως τάφοι.

Στα περισσότερα παρεκκλήσια διατηρούνται ελάχιστα λείψανα του γραπτού διακόσμου τους.

Αϊ-Γιαννάκης

Έξω από τα τείχη της καστροπολιτείας του Μυστρά, κοντά στη λεγόμενη πύλη της Μαρμάρας, βρίσκεται ο ναός του Αι-Γιαννάκη. Οικοδομήθηκε πιθανότατα ως ταφικό παρεκκλήσιο από την κυρά Καλή Καβαλασέα, η οποία απεικονίζεται μαζί με τα τέκνα της στο εσωτερικό.Πρόκειται για μονόχωρο καμαροσκέπαστο κτίσμα με ενισχυτικές ζώνες και τυφλά αψιδώματα στο εσωτερικό. Στα ανατολικά προβάλλει η μεσαία πεντάπλευρη αψίδα και δύο μικρότερες καμπύλες αψίδες για την πρόθεση και το διακονικό. Κτιστό τέμπλο διαχωρίζει το ιερό Βήμα από τον κυρίως ναό. Σε επαφή με τη νότια θύρα υπάρχει ημιυπόγειος τάφος, ενώ ένας ακόμη υπέργειος τάφος αποκαλύφθηκε εξωτερικά, στη βορειοανατολική γωνία. Δυτικά του παρεκκλησίου διαμορφώνονται δύο θαλαμοειδείς υπόσκαφοι χώροι, που πιθανότατα αποτελούσαν οστεοφυλάκια.Ο ναΐσκος είναι κατάγραφος. Οι τοιχογραφίες του αποτελούν έργο ποιότητας που έχει επηρεαστεί από τον διάκοσμο της νότιας στοάς του ναού της Οδηγήτριας (παραπομπή). Για τη χρονολόγησή τους έχουν διατυπωθεί απόψεις που τις τοποθετούν στο β’ μισό του 14ου ή στον 15ο αιώνα. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η απεικόνιση της Βρεφοκρατούσας Παναγίας με την κτητόρισσα Καλή Καβαλασέα, ως λαϊκή και ως μοναχή, και τα τέκνα της, Άννα Λασκαρίνα και Θεόδωρο Οδηγητριανό. Διακρίνονται και κατάλοιπα τοιχογραφιών των χρόνων της Τουρκοκρατίας.Ο ναός αναστηλώθηκε στις αρχές του 20ού αιώνα και το 1952 καλύφθηκε με νέο ημικυλινδρικό θόλο. 

Παρεκκλήσιο παλατιού

Νότια του συγκροτήματος του παλατιού και εγγύτατα στα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα λουτρού της Οθωμανικής περιόδου διατηρούνται τα οικοδομικά λείψανα παρεκκλησίου. Πρόκειται για μονόχωρο ναό. Κτιστό θρανίο διατρέχει εσωτερικά τους τοίχους. Οι αψίδες του ιερού Βήματος εγγράφονται στο πάχος του ανατολικού τοίχου. Η μεσαία αψίδα εξωτερικά προβάλλει πολυγωνική και εδράζεται επί προβόλων. Παραστάδες διαρθρώνουν εξωτερικά τον βόρειο τοίχο. Στα νότια διαμορφώνεται μικρότερο ταφικό παρεκκλήσιο.Οι εσωτερικές επιφάνειες του παρεκκλησίου κοσμούνταν με τοιχογραφίες, εξίτηλες σήμερα στο μεγαλύτερο μέρος τους. Στον βόρειο τοίχο διακρίνονται μορφές στρατιωτικών αγίων, που ανακαλούν αντίστοιχες μορφές της Περιβλέπτου (παραπομπή), καθιστώντας εύλογη τη χρονολόγησή τους στο β΄ μισό του 14ου αιώνα.