Η Μονή Βροντοχίου είναι το πρώτο μοναστηριακό συγκρότημα που ιδρύεται εντός των τειχών της καστροπολιτείας του Μυζηθρά, στο βορειοανατολικό άκρο της Κάτω Χώρας. Αποτελεί το πλουσιότερο και ισχυρότερο μοναστικό καθίδρυμα του οικισμού.
Η ανέγερση του πρώτου καθολικού, των Αγίων Θεοδώρων, τοποθετείται λίγο πριν το 1296 και αποδίδεται στους μοναχούς Δανιήλ και Παχώμιο. Οι δύο κτήτορες αναφέρονται σε εγχάρακτη έμμετρη επιγραφή ανάγλυφου επιστυλίου τέμπλου, το οποίο ανήκει στη συλλογή γλυπτών του Αρχαιολογικού Χώρου του Μυστρά (αρ. ευρ. 1211). Η μνεία του Παχωμίου ως καθηγουμένου τῆς πανσέπτου μονῆς τῶν ἁγίων καὶ θαυματουργῶν Θεοδώρων τοῦ Βροντοχίου σε πηγές αποτελεί μαρτυρία για την ολοκλήρωση του καθολικού πριν το 1296.
Το μνημείο ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπου του απλού οκταγωνικού ναού, με ιδιαίτερα μεγάλο και επιβλητικό τρούλλο. Τα τέσσερα γωνιακά διαμερίσματα διαμορφώνονται σε ισάριθμα αυτόνομα παρεκκλήσια. Ο διώροφος αρχικά νάρθηκας στα δυτικά και τα πυργόσχημα παρεκκλήσια στη βόρεια και τη νότια πλευρά του αποτελούν μεταγενέστερες προσθήκες. Εντυπωσιακός είναι ο διάκοσμος της ανατολικής όψης του μνημείου με πέντε οριζόντιες ζώνες όπου εναλλάσσονται η απλή λιθοδομή σήμερα και το πλινθοπερίκλειστο σύστημα τοιχοποιίας.
Από τις τοιχογραφίες, σύγχρονες με την ανέγερση του ναού, διατηρούνται ευάριθμα δείγματα, που μαρτυρούν επιρροές από την τέχνη του καθεδρικού ναού του Αγίου Δημητρίου, χωρίς ωστόσο να τις ανταγωνίζονται ποιοτικά.
Μετά την ανέγερση του νέου καθολικού αφιερωμένου στη Θεοτόκο Οδηγήτρια η εκκλησία αποκτά κοιμητηριακό χαρακτήρα, όπως μαρτυρά το ταφικό συγκρότημα στη δυτική όψη του και οι ταφές που έχουν αποκαλυφθεί περιμετρικά του μνημείου κατά τη διάρκεια ανασκαφικών διερευνήσεων.
Η ανέγερση του ναού της Θεοτόκου τῆς Ὁδηγητρίας από τον ηγούμενο Παχώμιο, σύμφωνα με σχετικές πηγές, ανάγεται μεταξύ των ετών 1303 και 1309. Η ίδρυση του νέου καθολικού έχει ως αποτέλεσμα την αλλαγή της αφιέρωσης του μοναστηριού, το οποίο απαντά στο εξής στις πηγές ως μονή της ὑπεραγίας Θεοτόκου τῆς Ὁδηγητρίας τοῦ Βροντοχίου . Η αφιέρωση στη Θεοτόκο την Οδηγήτρια, προστάτιδα της Βασιλεύουσας, καθιστά φανερή την επιδίωξη να συνδεθεί η πολιτεία του Μυζηθρά, πρωτεύουσα της νεοπαγούς επαρχίας της Πελοποννήσου, με τη Βασιλεύουσα, αλλά και με την αυτοκρατορική εξουσία των Παλαιολόγων.
Στον ναό της Οδηγήτριας εφαρμόζεται για πρώτη φορά ο αρχιτεκτονικός τύπος που ονομάζεται «μεικτός τύπος» ή «τύπος του Μυστρά». Συνδυάζει τη διάταξη της δρομικής τρίκλιτης βασιλικής με νάρθηκα στο ισόγειο και του τετράστυλου σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού στον όροφο, όπου διαμορφώνεται υπερώο με πεντάτρουλλη κάλυψη. Σύγχρονα του ναού είναι τα δύο πυργοειδή παρεκκλήσια (των «χρυσοβούλλων» και του «Παχωμίου») εκατέρωθεν του νάρθηκα και οι στοές που αρχικά περιέβαλλαν το μνημείο στις ελεύθερες όψεις του (δυτικά, βόρεια και νότια). Σε μεταγενέστερη φάση, μέσα στον 14ο αιώνα, προστίθενται το βορειοανατολικό και το νοτιοανατολικό παρεκκλήσι, ενώ ανάλογη χρήση και ταφικός χαρακτήρας δίδονται στη νότια στοά μετά τη σφράγιση των τοξωτών ανοιγμάτων της. Τέλος στη νοτιοδυτική γωνία του ναού υψώνεται κωδωνοστάσιο. Τα τυπολογικά, κατασκευαστικά και μορφολογικά στοιχεία του μνημείου μαρτυρούν την επιρροή της αρχιτεκτονικής της Κωνσταντινούπολης και υποδηλώνουν την απασχόληση τεχνιτών από την πρωτεύουσα της αυτοκρατορίας κατά την οικοδόμησή του.
Εσωτερικά οι πλευρικοί τοίχοι και τα μέτωπα των τοξοστοιχιών του ναού, καθώς και οι κάθετες επιφάνειες του νάρθηκα καλύπτονταν σε όλο τους σχεδόν το ύψος με μαρμάρινη επένδυση (ορθομαρμάρωση), αντικατοπτρίζοντας τον πλούτο και τη διάθεση για πολυτέλεια. Στη ζώνη αυτή κατά διαστήματα διαμορφώνονταν τοξωτά πλαίσια τα οποία περιέκλειαν τοιχογραφημένες μορφές όρθιων ολόσωμων αγίων.
Ο εξαιρετικής τέχνης γραπτός διάκοσμος της Οδηγήτριας σχεδόν στο σύνολό του χρονολογείται στη β΄ δεκαετία και τις αρχές της γ΄ δεκαετίας του 14ου αιώνα (ο διάκοσμος της νότιας στοάς και του ΝΑ παρεκκλησίου χρονολογούνται στα 1366). Πρόκειται για ένα από τα αξιολογότερα ζωγραφικά σύνολα της παλαιολόγειας περιόδου. Τα τεχνοτροπικά και εικονογραφικά πρότυπά του πρέπει να αναζητηθούν στις νέες ζωγραφικές τάσεις που εμφανίζονται την ίδια εποχή στην πρωτεύουσα της αυτοκρατορίας, την Κωνσταντινούπολη, από όπου φαίνεται ότι είχαν κληθεί τα ζωγραφικά συνεργεία που εργάστηκαν στον ναό.
Ο ναός της Οδηγήτριας με τον πρωτότυπο αρχιτεκτονικό τύπο του, τον πολυτελή μαρμάρινο διάκοσμο που αρχικά έφερε και τις εξαίρετης τέχνης τοιχογραφίες που τον κοσμούν μαρτυρά την άμεση επίδραση της κωνσταντινουπολίτικης τέχνης και τις στενές σχέσεις του κτήτορά της με την πρωτεύουσα της αυτοκρατορίας.
Το 1407 στο βορειοδυτικό παρεκκλήσι της Οδηγήτριας θα ταφεί ο δεσπότης Θεόδωρος Α΄ Παλαιολόγος. Λίγο πριν το θάνατό του ο ηγεμόνας αποσύρεται βαριά άρρωστος στην μονή Βροντοχίου, όπου περιβάλλεται το μοναχικό σχήμα και λαμβάνει το όνομα Θεοδώρητος. Η λαϊκή ονομασία «Αφεντικό» που φέρει μέχρι σήμερα ο ναός θεωρείται ότι προέρχεται από την ύπαρξη του τάφου και του πορτραίτου του δεσπότη Θεόδωρου Α΄ στο βορειοδυτικό παρεκκλήσι. Η εκκλησία εντυπώνεται στη μνήμη των κατοίκων ως χώρος που ετάφη ο «αυθέντης» (αφέντης) του Μοριά και στο εξής λαμβάνει την ονομασία «Αφεντικό».
Από τα κτήρια που εξυπηρετούσαν τις ποικίλες ανάγκες του μοναστηριού, το καλύτερα διατηρημένο είναι το μνημειακό συγκρότημα της τράπεζας και του μαγειρείου στα νοτιοδυτικά του καθολικού της Οδηγήτριας και σε υψηλότερο από αυτό επίπεδο. Περιμετρικά του καθολικού και του συγκροτήματος της τράπεζας είχαν κατασκευαστεί τα κελιά των μοναχών και κτήρια για τις λοιπές λειτουργίες της μονής, η κατάσταση διατήρησης των οποίων δεν επιτρέπει την ακριβή ταύτισή τους.
