Για την εξασφάλιση του αναγκαίου πόσιμου νερού εντός της τειχισμένης πόλης του Μυστρά χρησιμοποιούνται, με τη βοήθεια τεχνικών έργων, οι φυσικές πηγές στη γύρω περιοχή, καθώς και το νερό της βροχής.
Τμήμα υδραγωγείου που διατηρείται έξω από τα τείχη της Άνω Χώρας έφερνε νερό εντός της πόλης. Δεξαμενές, κινστέρνες, δημόσιες και ιδιωτικές, αποτελούν ζωτικής σημασίας στοιχείο της καστροπολιτείας. Η κινστέρνα της Αγίας Σοφίας είναι από τις μεγαλύτερες του Μυστρά, ενώ δημόσιες δεξαμενές βρίσκονται και στο κάστρο, για λόγους ασφαλείας. Στις ιδιωτικές κινστέρνες, στα υπόγεια των οικιών, συγκεντρώνονται τα νερά της βροχής μέσα από σύστημα αγωγών που ξεκινούν από τις στέγες. Πήλινοι αγωγοί, τμήματα των οποίων διακρίνονται σήμερα στους λιθόστρωτους δρόμους, ανήκουν στο δίκτυο ύδρευσης της πόλης, η ακριβής έκταση και διαδρομή του οποίου απαιτεί ανασκαφική διερεύνηση.
Δημόσιες κρήνες επισημαίνονται σε κεντρικά λιθόστρωτα του οικισμού. Ευάριθμες χρονολογούνται στη βυζαντινή περίοδο (κρήνες στην Αγία Σοφία και στην πλατεία του παλατιού των δεσποτών), ενώ οι καλύτερα σωζόμενες ανάγονται στα μετά την Άλωση χρόνια (κρήνη στο συγκρότημα της Μητρόπολης και στο πλάτωμα της Κάτω Χώρας).
Σε ευάριθμες μυστριώτικες οικίες και στο συγκρότημα του παλατιού αναγνωρίζονται νεροχύτες – νιπτήρες, μαρτυρώντας την οικονομική άνεση και το υψηλό επίπεδο υγιεινής των κατοίκων. Αποτελούν κόγχες που ανοίγονται στο πάχος των τοίχων, με οπή στον πυθμένα τους.
Αποχωρητήρια συναντάμε σε αρκετές οικίες του Μυστρά. Κατασκευάζονται σε μυχό του τρικλίνου και μοιάζουν με τις επονομαζόμενες σήμερα «τούρκικες» τουαλέτες.
Οπές αποστράγγισης στη βάση τοίχων διευκολύνουν τον καθαρισμό των δαπέδων. Αν και δεν έχει εντοπιστεί μέχρι σήμερα κάποιος βόθρος, είναι βέβαιο ότι για την αποχέτευση των οικιακών λυμάτων θα υπήρχε δίκτυο αγωγών. Στις οικίες παρατηρείται συνήθως μεμονωμένη αντιμετώπιση, κάποιες οικίες διαθέτουν τον δικό τους βόθρο, ενώ σε άλλες τα λύματα διοχετεύονται ελεύθερα.
