Ο οικισμός του Μυστρά παρουσιάζει την τυπική τριμερή διάρθρωση των βυζαντινών οχυρωμένων οικισμών.
Αρχικά ο πρίγκιπας της Αχαΐας Γουλιέλμος Β΄ Βιλλεαρδουίνος οικοδομεί το Κάστρο στην κορυφή του λόφου. Ακολουθεί η σταδιακή συγκέντρωση πληθυσμού στις πλαγιές του λόφου, ώστε τελικά να δημιουργηθεί ένας οχυρωμένος οικισμός, προστατευόμενος από δύο οχυρωματικούς περιβόλους. Ο εσωτερικός οριοθετεί την Άνω Χώρα, το τμήμα δηλαδή της πόλης που εκτείνεται από το κάστρο μέχρι το παλάτι των δεσποτών. Χαμηλότερα απλώνεται η μεγαλύτερη οικιστική ζώνη της Κάτω Χώρας που περικλείεται από τα εξωτερικά τείχη. Εκτός των τειχών, στην Έξω Χώρα, κατοικεί ο αγροτικός πληθυσμός.
Ο οικισμός ακολουθεί κατά τα συνήθη στην ύστερη βυζαντινή εποχή, δυναμικό τρόπο ανάπτυξης, χωρίς πολεοδομικό σχεδιασμό. Οικοδομήματα ανεγείρονται ανάλογα με τις ανάγκες που προκύπτουν και στα δύο τμήματα του οικισμού, που αναπτύσσονται παράλληλα.
Στην Άνω Χώρα το παλάτι των δεσποτών (παραπομπή) αποτελεί το διοικητικό κέντρο του δεσποτάτου του Μορέως. Η αυλή μπροστά από το συγκρότημα δεν είναι γνωστό τι χρήσεις φιλοξενούσε. Υψηλότερα βρίσκεται ο ναός του παλατιού, η Αγία Σοφία, ενώ σταδιακά οικοδομούνται οικίες.
Στην Κάτω Χώρα βρίσκεται η έδρα της Μητρόπολης Λακεδαιμονίας, με τον αφιερωμένο στον Άγιο Δημήτριο μητροπολιτικό ναό (παραπομπή). Εδώ ανεγείρονται και τα σημαντικότερα μοναστηριακά συγκροτήματα, αλλά και οικίες, εργαστήρια, συνιστώντας το πιο πυκνοδομημένο τμήμα της πόλης.
Η εντός των τειχών περιοχή καταλαμβάνει 190 στρέμματα περίπου. Αν και δεν υπάρχουν στοιχεία στις πηγές για τον αριθμό των κατοίκων εντός της τειχισμένης περιοχής, εκτιμάται ότι δεν θα ξεπερνούσαν τους 1.000-1.200 κατοίκους.
